Điều đáng quan tâm khi sử dụng thớt gỗ là bảo quản thớt không bị nhiễm vi khuẩn từ việc thái, chắt thức ăn, đặc biệt là cá và thịt gia cầm. Do vậy, sau khi sử dụng thớt gỗ để chế biển thức ăn thì phải rửa, chà kỹ nhất là những loại thức ăn như thủy hải sản, gia cầm kể trên. Khi mình chà rửa thớt thì thức ăn thừa sẽ bị trôi đi, và kéo theo vi khuẩn.
Nhưng thức ăn vẫn có thể ngấm vào thớt gỗ, vì thế phải luôn làm cho thớt gỗ khô thì vi khuẩn không thể phát triển được. Luôn dựng thớt đúng để cho thớt luôn ráo.
Nếu bạn mua loại thớt nghiến thì rất tốt vì loại gỗ này rất đặc nên ít bị thấm hay hút nước. Với các loại thớt gỗ khác, hoặc thớt gỗ ghép công nghiệp thì người ta khuyên là lên bôi một lớp dầu khoáng để tạo thành một lớp chống nước cho thớt. Dầu khoáng ở đây là loại sản phẩm phụ của quá trình chưng cất dầu mỏ, chứ không phải là dầu có chất béo như dầu olive, dầu dừa... Khi dùng dầu thì thoa đều dầu lên khắp toàn bộ thớt kể cả hai mặt.
Để chà rửa thớt nên dùng loại bay, xẻng nấu ăn bằng thép (loại mà mình dùng để lật trứng chiên) để cạo rửa thớt cho sạch. Không nên dùng loại bàn chải sắt vì sẽ làm trầy xước mạnh, điều này chỉ làm thớt dễ hút nước thêm.
Không nên rửa chung thới với chén bát, hay dụng cụ làm bếp khác vì những chất bẩn từ chén bát sẽ dây sang thớt.
Nếu cần sử dụng chất tẩy rửa thì dùng loại nhẹ, không dùng loại có hóa tính mạnh. Có thể sử dụng cách truyền thống là dùng muối, hoặc kết hợp muối với chanh.